KPU memberlakukan sistem pemilihan khusus yang berlaku di wilayah Papua untuk dapat merangkul semua lapisan dalam mensukseskan Pemilu, bernama sistem Noken.
Sistem Noken merupakan sistem khusus yang diberlakukan bagi masyarakat di wilayah Papua, khususnya yang berasal dari daerah pegunungan.
Pemberlakuan sistem Noken ini berlandaskan pada kepercayaan tradisional masyarakat Papua pegunungan yang mempercayakan keputusan berada pada tetua atau pemimpin suku.
Pemberlakukan Sistem Noken ini juga berlandaskan kepada beberapa pertimbangan seperti akses geografis yang cukup sulit di Papua, khususnya yang tinggal di pegunungan. Juga berkaitan dengan faktor tingkat pendidikan dengan rata-rata cukup rendah sehingga membutuhkan pengarahan. Dan tentunya kearifan lokal kepercayaan masyarakat adat.
Dikutip dari laman malangkota.bawaslu.go.id, pelaksanaan sistem Noken terbagi dalam dua cara berikut:
1. Noken Big Man
Sistem Noken Big Man berarti seluruh suara masyarakat suku setempat diserahkan kepada ketua adat. Sistem ini dilakukan pada masyarakat Pegunungan Tengah.
Seorang Big Man atau dalam bahasa lokal Menagawan artinya “orang berwibawa” yang suaranya mewakili seluruh masyarakat adat tersebut.
Status Menagawan merupakan status yang sifatnya pencapaian, bukan warisan. Pencapaian tersebut didasarkan pada perilaku, tindakan, dan usaha memenangkan persaingan dengan orang-orang lain atau lawan yang menjadi pesaing.
2. Noken Gantung
Sedangkan dalam sistem Noken Gantung merupakan sistem perwakilan suara yang dihasilkan dari musyawarah seluruh masyarakat adat. Sistem ini menjunjung tinggi musyawarah untuk penentuan pendapat “tanpa rahasia dan mementingkan kepentingan suku bersama”. 
